emsti
http://ru2.php.net/mysql_select_dbэто общий принцип работы с бд, а не схема наладки фреймворка. вообще говоря, работать можно и без выбора базы
mysql_connect()
mysql_query('set names ... collation')
mysql_query('select from `database`.`table` join `other_database`.`table` ...'); // указываем явно базу и таблицу
первые две команды в CI делает драйвер БД, тебе нужно лишь указать кодировку в настройках database.php. Но если ты когда-либо будешь работать с базой самостоятельно - придётся задавать кодировку вручную.
> header('Content-Type: text/html; charset=UTF-8'); вставлять в контроллере или во всех вью-файлах
без разницы, главное чтобы он был. но с учётом того, что контроллер один, а вьюшек много, а также что заголовки должны отдаваться до текста, есть смысл поместить в контроллер.