Ну сначала надо, как обычно, спроектировать БД. Что у вас будет на этом сайте - объявления, категории, каталог - подробно. Как все это будет храниться, какие параметры иметь, по каким параметрам искаться. В общем, это огромный фронт работ, еще до фреймворка. Как только структура БД ясна, дальше.. садитесь и делаете.

В контроллерах пишете крупные абстракции формирования данных при помощи моделей, в моделях обращаетесь к данным в БД (обязательно через кэширование, в файлах или memcached/APC/etc) и возвращаете их в контроллеры, во вьюверах принимаете данные из контроллеров и рисуете их в нужных местах. Лучше из контроллеров передавать данные в один вьювер, типа _container , в котором уже собираются вьюверы хедер, боди и футер и передаются в них данные, которые передал для них контроллер.